RNA建库试剂盒用rRNA去除还是mRNA富集更合适？

rRNA 去除和 mRNA 富集不是绝对谁好：如果只关注编码基因差异表达，polyA 法成本通常更低、rRNA 残留极低；但你已经发现非编码信息丢失，那换 rRNA 去除是合理选择。200 ng 总 RNA 不算低，但要注意 rRNA 去除后 RNA 损失，可能实际进入建库的 RNA 只有几十纳克，因此建库试剂盒最好有低起始量适配能力。供应商对比维度：探针物种覆盖、去除步骤时间、是否含链特异性 dUTP 模块、小包装规格、是否可申请试用。我建议用同一批处理组样本做 3 对 3 的小样测试，重点看差异表达分析里显著基因数量和样本间重复性，rRNA 残留高不高只是其中一个质控点。

做差异表达如果想兼顾 lncRNA、circRNA 等非编码，建议用 rRNA 去除。200 ng 总 RNA 足够，rRNA 残留高低主要看探针物种匹配和 RNA 完整性。我一般在去除后取样跑 RNA Pico 或普通 RNA 6000，看 18S/28S 峰高是否明显降低；测序后再看比对到 rRNA 的比例，通常 <5% 可接受，若要求高则 <2%。选试剂盒要确认是否针对你的物种（人/小鼠/大鼠还是植物），否则残留会明显高。polyA 富集对编码基因定量更干净，但确实会丢掉无 polyA 尾巴的转录本。小规格试用装很多品牌有，24 次或 12 次，可以申请用同一批 RNA 平行比较。

我们之前做肿瘤组织差异表达，从 polyA 换到 rRNA 去除，主要原因是想拿 lncRNA。200 ng 总 RNA 用 rRNA 去除建库，rRNA 残留我没有遇到过很高的情况，前提是用新鲜提取、RIN>7 的样本。如果样本有降解，RIN 4-6，rRNA 去除效果更依赖试剂盒的去除探针，polyA 法反而可能丢很多信息。担心残留高，建议在试剂盒比较时要求厂家提供实际样本的残留率范围，不要只看宣传材料。小规格试用装可以申请，建议对比两家，用同一批 200 ng RNA 各建一库，送浅测看基因检出数、rRNA 比例、链特异性。这样比看说明书更靠谱。