Case StudiesMGISP-960 在动物病原检测中的应用:DNA/RNA共建库方案的自动化流程
01目的:建立适用于动物病原核酸DNA/RNA共建库的自动化建库流程02 平台:MGISP-960(华大智造)03样本类型:血液、拭子样本中提取的病原核酸可选择翌圣MolPure® Magnetic Pathogen DNA/RNA Kit 磁珠法病原DNA/RNA提取试剂盒(Cat#18306)。该产品适用于从生物液体样本如宫颈拭子保护液(建议不使用含高浓
01目的:建立适用于动物病原核酸DNA/RNA共建库的自动化建库流程
02 平台:MGISP-960(华大智造)
03样本类型:血液、拭子样本中提取的病原核酸
可选择翌圣MolPure® Magnetic Pathogen DNA/RNA Kit 磁珠法病原DNA/RNA提取试剂盒(Cat#18306)。
该产品适用于从生物液体样本如宫颈拭子保护液(建议不使用含高浓度胍盐保护液)、全血、血浆、痰液、肺泡灌洗液、脑脊液等样本中提取病原微生物核酸,该方法采用磁珠纯化技术,提取过程中无需使用有毒的酚氯仿抽提,安全无毒且快捷。该方法采用化学法与机械法相结合的裂解方式,纯化的核酸包括病毒、支原体、细菌、真菌等微生物的核酸,得到的产物可直接用于 PCR、qPCR、宏基因组文库构建、DNA/RNA共建库等实验。配合磁珠法自动化提取仪器使用,可实现核酸的高通量提取。
04mNGS动物疫病检测介绍:
mNGS宏基因组高通量测序是新一代无偏向性病原检测技术,专为动物疫病复杂检测场景研发,突破传统检测技术局限。该技术无需微生物纯培养、无需预设病原靶点,可直接对畜禽、水产等动物样本中的全部核酸进行高通量测序分析。能够一次性全面覆盖病毒、细菌、真菌、寄生虫等各类致病病原,精准识别已知病原、变异毒株及未知新发疫病病原。有效解决传统检测漏检率高、检测周期长、无法鉴别混合感染等行业痛点,是当前动物疫病精准诊断、疫情防控的核心技术手段。
05mNGS方案在动物疫病检测中的应用及核心意义
1、疑难不明疫病排查,破解诊断盲区
在畜禽批量突发死亡、不明原因发热、常规检测阴性、经验诊疗无效等疑难场景中,传统检测手段难以快速锁定病因。mNGS凭借无偏向性全病原筛查优势,可一次性完成多类别病原全景扫描,快速甄别单一感染、混合感染、继发感染等复杂致病情况。彻底打破传统检测“逐项排查、耗时低效”的困境,快速明确疫病致病根源,为临床精准救治、疫病止损提供关键诊断依据,大幅降低养殖产业突发疫病造成的经济损失。
2、新发变异病原识别,筑牢防疫防线
动物疫病存在病原变异、新发疫病频发的特点,传统靶向检测技术仅能识别已知固定病原,极易出现变异株漏检、新发病源无法识别的问题。mNGS技术不依赖已知病原数据库,可精准捕捉病原基因突变、毒株重组特征,快速发现新型疫病病原、逃逸变异株及稀有致病菌株。能够第一时间预警新发、变异动物疫情,填补未知疫病检测空白,助力养殖行业提前规避新型疫病风险,完善动物疫病常态化预警体系。
3、疫病溯源与流行监测,实现精准管控
mNGS可通过病原全基因组测序,精准解析病原基因型、进化特征及传播路径,实现动物疫病的流行病学精准溯源。可精准区分疫病本土流行株与输入性毒株,明确疫病传播链条、感染来源及扩散规律,为养殖场引种检疫、区域疫病流行监测、跨区域疫病传播防控提供数据支撑。同时可长期监测病原种群演变趋势,助力行业优化疫苗研发、疫病防控方案,推动动物疫病从“被动救治”向“主动防控”转型。
4、人畜共患病筛查,守护公共卫生安全
多数动物疫病具备人畜共患传播风险,是公共卫生安全的重要隐患。mNGS可高效筛查各类人畜共患病病原,精准识别动物体内隐性带菌、隐性感染情况,提前发现跨物种传播风险隐患。通过常态化动物样本筛查,从源头阻断人畜共患病传播链条,既保障畜禽养殖安全,又筑牢人居公共卫生安全防线,实现养殖产业安全与公共卫生安全双重保障。
5、助力养殖标准化,赋能产业提质增效
相较于传统检测技术,mNGS检测周期短、准确率高、覆盖病原广,可适配规模化养殖场、养殖园区、第三方检测机构的批量检测、常态化筛查需求。通过精准的疫病检测与风险预判,有效减少盲目用药、无效消杀等养殖成本损耗,降低畜禽病死率,提升养殖存活率与产品品质。同时推动动物疫病检测流程标准化、精细化,助力养殖行业科学化、规范化、智能化升级,赋能畜牧水产养殖产业高质量发展。
06建库试剂盒:
Hieff NGS® ds-cDNA Synthesis Kit(Cat#13488)
Hieff NGS® OnePot Flash DNA Library Prep Kit/ 低背景病原快速酶切DNA建库试剂盒(Cat#12316)
07文库类型:MGI文库
08自动化耗材和数量:
耗材名称 | 品牌 | 货号 | 所需数量 |
250μL盒装滤芯透明无菌吸头 | Yeasen | 83130ES | 10盒 |
0.2mL 96孔PCR板,白色,全裙边 | Yeasen | 83560ES | 9块 |
96孔深孔板,U底(1.3 mL) | Yeasen | 83672ES | 7块 |
09实验条件及结果展示:
样本序号 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 |
样本类型 | 动物血液样本提取的病原核酸(DNA+RNA) | |||||
投入量 | 固定体积投入14ul | |||||
cDNA合成 | 使用翌圣产品Cat#13488,cDNA产物不纯化直接投入建库 | |||||
片段化条件 | 30℃ 8min | |||||
连接后纯化 | 0.55× | |||||
index Primer | MGI 短接头(Cat#13350-13354) | |||||
扩增 | 12cc | |||||
分选 | 扩增产物补水至100ul后进行分选 | |||||
洗脱体积 | 30ul | |||||
文库浓度 | 58.4 | 52.4 | 56.4 | 72.4 | 58.6 | 53.4 |
10翌圣生物产品解决方案: