无需特殊处理,但为了保证阳性率,最好进行胶回收纯化。
两者不建议混合使用。
不可以,TOPO 异构酶具有限制性内切酶活性,时间过长会重新切割重组质粒,建议反应时间不超过 5min。
a)验证过 5kb,一般片段越大,难度系数也会更高些。b)不能插入多片段,只能单个片段的插入。
都可以替代。①与全式金 TOPO 克隆的区别:a)全式金没有自杀基因,需要蓝白斑筛选,翊圣的有自杀基因, 不需要筛选。②全式金的组分带有通用引物和感受态细胞,翊圣不含有,客户需额外准备。与 Takara T 载体的区别:原理不一样,Takara 试剂盒利用的是 T4 连接酶,翊圣是 TOPO 异构酶…
不一致。短接头建库:接头连接时候是连接一样的双端接头 PE Adapter,后期进行文库扩增再利用不同的 Index Primer 扩增出完整携带不同的 DNA 文库。长接头建库:接头连接时候的连接的是带有不同 Index 的完整接头,后期扩增的时候再用两端的通用引物Primer Mix 扩增完整的…
碱基平衡,荧光平衡(详情可查看翊圣生物公众号微信软文 一文全面解析 NGS 接头的奥秘 )
长接头带完整的 index 序列,所以接头连接的时候直接完成文库构建,此时如果文库浓度达到测序要求,那么可以直接PCR-Free 建库;短接头建库,接头连接步骤双端同时连接相同的 PE Adapter。序列如下:PE Adapter for Illumina:5 -/5Phos/ GATCGGAAG…
不是的,双端的 i5 端有 16 种 index,i7 端有 24 种 index,两者组合之后可以达到 384 种 index 组合.单端/双端 index 接头示意图如下:
不可以,Ligation Enhancer 内含高浓度的 PEG,会对分选造成显著影响,所以接头连接后如果进行片段分选必须先纯化。
插入片段的3' 末端与载体的5' 末端之间有一个缺刻,可在大肠杆菌中自动进行修复。
M-MLV (H-) Reverse Transcriptase 是通过对野生型 M-MLV 逆转录酶基因改造,在大肠杆菌中表达纯化而成。. 无 RNaseH 活性,具有合成能力高,热稳定性好和半衰期长的特点。
① 提升复杂模板的扩增能力:增强了对高 GC 含量、回文结构等复杂模板的延伸能力,使 NGS 测序覆盖度更加均一,降低所需测序深度,同时减少测序中的 Gap 区域,提高单细胞测序的数据质量与完整度。② 提高扩增产物产量与效率:在全基因组扩增(WGA)、多重置换扩增(MDA)及滚环扩增(RCA)等实验…
UniPhi29适用于所有需要phi29 DNA聚合酶链置换活性和持续合成能力的等温扩增实验,包括但不限于:• 滚环扩增(RCA):环状DNA模板的线性/指数扩增• 多重置换扩增(MDA):全基因组扩增(WGA),尤其是单细胞基因组扩增• 质粒体外酶促扩增(DNA酶法合成/dbDNA生产)• 锁式探…
两款都为突变过的phi29 DNA聚合酶,UniPhi29(14417ES)是在14404ES基础上升级而来,在大多数场景下表现更优,建议优先尝试UniPhi29。
UniPhi29 完整保留高活性 3'→5' 外切校对功能,扩增错配率远低于普通 Taq 酶;42℃高温体系减少模板二级结构导致的错配延伸,单细胞 WGA、RCA 扩增产物 NGS 测序 SNV 检测结果可靠,可用于低频突变、CNV 拷贝数变异分析。
提升反应温度至42℃;延长孵育时间,RCA 标准 4 h 可延长至 6 h;MDA 4 h 延长至 12–16 h;体系添加无机焦磷酸酶,解除焦磷酸产物对聚合酶的反馈抑制;小幅上调镁离子、硫代随机引物终浓度,梯度摸索最优区间;排查模板完整性,降解严重微量样本可适度提高模板投入量。
引物体系优化:下调硫代引物终浓度至 0.1–1 μM,检查引物是否存在分子内二聚体、3' 端错配;模板前处理:使用 Exo I+Exo III 消化未环化线性 DNA,消除线性模板引发的杂扩增;反应组分调整:dNTP mix降至 100–300 μM 区间,小幅降低镁离子浓度;外源污染排查:更换全新…
不可直接建库,必须完整预处理,三步缺一不可:热灭活终止反应:65℃孵育 10 min,彻底消除 UniPhi29 残留酶活,避免降解文库片段;磁珠纯化去除杂质:0.6–0.9× 磁珠两轮纯化,清除残留随机引物、dNTP、游离酶蛋白;片段化处理:超声或酶切打断高分子量分支 DNA 至 200–500 …
RCA产物的验证可通过以下方法:(1)限制性内切酶消化+琼脂糖凝胶电泳:在环状模板中设计单一切割位点,RCA产物经酶切后应产生均一长度的条带,可直观判断产物是否正确。这是最常用的验证方法。(2)荧光染料检测:使用SYBR Green或PicoGreen等dsDNA荧光染料,在反应体系中直接检测荧光信…